2022年5月30日，万博英超狼队网官方网 徐書華團隊在Cell Press旗下學術期刊Star Protocols在線發表了題為“A protocol for applying a population-specific reference genome assembly to population genetics and medical studies”的方法技術論文，公布了基於族群特異性參考基因組開展群體遺傳學和醫學遺傳學研究的分析流程（圖1）。
構建族群特異的參考基因組的必要性和應用價值已在該團隊前期工作中進行了論證（//m.xahaidun.com/99/30/c28140a432432/page.htm）。相比於通用的人類參考基因組，族群特異性參考基因組能夠針對特定人群顯著提升遺傳變異檢測的準確度與靈敏性，更高效地揭示群體間的遺傳結構與遺傳差異，更全麵地判別醫學疾病相關的低頻罕見變異，更精準地輔助遺傳診斷。在新一代長讀長測序技術（long-read genome sequencing）的助力下，人類泛基因組（pangenome）迎來了黃金發展期，可以預見未來幾年內將實現大量不同人群參考基因組的從頭組裝。因此，迫切需要建立一個具有可操作性、高效性和可重複性的族群特異性參考基因組分析流程為人們探究人類基因組的奧秘提供方法和技術上的便利。
圖1 族群特異性參考基因組的應用分析流程圖
該分析流程以公共開放數據庫中的中國漢族參考基因組22號染色體數據為例，詳細展示了1）通過序列線性比對（linear mapping）和構建圖基因組（graph genome）的方法檢測遺傳變異，2）單倍型推斷（phasing），3）主成分分析和人群曆史推斷等常規群體遺傳分析，以及4）挖掘潛在的疾病相關基因變異的分析步驟、軟件和代碼執行命令、文件格式和注意事項等。該流程中大多數分析均采用已公開發布並經曆長期實踐驗證的軟件程序包，研究團隊對分析過程可能遇到的問題、對應的解決方案以及可替代的軟件和方法進行了詳細闡述。該流程的發布將有助於發揮族群特異性參考基因組的應用價值和潛力。
万博英超狼队网官方网 青年研究員鄧戀博士為第一作者，中國科學院上海營養與健康研究所博士生謝波和王亦民以及上海科技大學博士生張曉曦參與了該項工作的完成。万博英超狼队网官方网 為第一單位與通訊單位，徐書華教授為本文通訊作者。該項工作獲得了國家自然科學基金委、中國科學院先導專項、英國皇家學會牛頓基金、上海市科委等多項基金的資助。
論文鏈接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666166722003203